东南大学自动化学院的前身是1957年筹建、1962年正式挂牌招生的东南大学自动控制系，是国内最早设立自动化专业的院系之一，同时，还有教育部批准设立的自动化研究所。现任院长是博士生导师费树岷教授。
学院设有控制科学与工程一级学科博士点，在国内控制科学界具有较高的学术地位和较大的影响。一级学科下设：控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置三个二级学科博士点和硕士点，此外还和电气工程学院共同设有电力电子与电力传动博士点。其中，1988年控制理论与控制工程评为国家重点学科，1995年设立控制科学与工程一级学科博士后流动站，1998年设立长江学者特聘教授岗位，现为国家“211工程”和“985工程”建设重点支持单位。
自动化学院不仅拥有以冯纯伯院士为首的高水平学科带头人，还拥有一批理论基础扎实，实践经验丰富，掌握计算机先进技术的中青年技术骨干，他们中的绝大部分是国内外著名大学毕业的博士和硕士。其中，中科院院士、俄罗斯科学院外籍院士1人，长江学者特聘教授1人，国家教学名师1人，国家杰出青年基金获得者2人，国家863计划机器人主题专家组成员1人，国家自然科学基金评审组成员2人，获教育部青年骨干教师基金4人，省333工程培养对象3人，省青蓝工程跨世纪学术带头人和优秀骨干教师3人，博士生导师10人，正副教授33人，其中45岁以下的年轻博士有16人。
学院每年承担国家自然科学基金，863高技术，教育部博士点基金，电力部等部委项目和江苏省科技攻关项目、江苏省自然科学基金等重要基础与应用基础性项目近二十项。年均在国际国内学术刊物和重要学术会议上发表论文100余篇，其中三分之二刊登在国际权威性刊物和国内一、二级学报上。在系统辩识，自适应控制，预测控制，鲁棒控制等领域的理论研究方面取得了许多具有国际水平的成果。先后获得国家自然科学四等奖（文革后国内自动化领域仅有两家获得过此奖项），国家教委科技进步一等奖等数十项奖励，在国际自控界已有一定的影响。
学院在注重理论研究的同时，十分注意面向经济建设主战场，将科技成果转化为生产力，有相当数量的人员从事先进制造技术和生产过程综合自动化等方面的应用开发和研究，承接了电力，化工，机械，造纸，冶金，轻纺等行业的数十项大中型企业的应用项目。近年来有三十多项成果通过了鉴定并获奖，许多成果属于“国内领先水平，有广泛的应用推广价值”，部分成果达到国际先进水平，其中北京第一机床厂CIMS工程（863应用项目）曾获国家科学进步二等奖，机电部科技进步特等奖，以及美国CIMS工业领先奖，为企业创造了可观的经济效益。
学院在本科及研究生培养中，始终坚持“厚基础、宽口径、重能力”的原则，注重实施素质教育。近年来，持续深入地开展了面向21世纪的教学改革，对教学计划、课程内容、实践环节进行了全面优化。课程建设规划有效落实，先后编写出版了二十余套课程教材。其中一批教材获得了国家级、省部级优秀教材奖，多门课程先后获得了国家级、省部级、校级优秀教学成果奖和教学改革成果奖。各类课程实验及实践环节条件不断改善，实验教学质量不断提高。自动化本科专业2005年获得江苏省首批品牌专业。
学院十分重视人才培养，现在每年招生硕士、博士研究生120多名，本科生120-160名，此外还有成人教育学生和研究生课程进修班学生等。40多年来，学院已累计培养了数千名本科生、几百名博士、硕士研究生、几十名外国留学生。他们以扎实的专业基础、很强的科研能力和优良的人文素质深受用人单位的欢迎。
学院十分重视国际间的交流与合作，先后派出多人赴英、美、加、日、德、澳等国进修，短期访问，合作研究或参加国际会议，同时，也邀请了许多国际著名学者来所访问讲学或进行短期合作研究，并接受国外专家来所作高级访问学者。
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