南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，1949年解放后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。本院办学方针是小规模、研究型、国际化，目标是培养未来医学领军人才，办学理念和人才培养独具特色。现设临床医学、基础医学和口腔医学三个专业，学制七年。有临床医学和基础医学二个一级学科硕士点及口腔临床医学一个二级学科硕士点，有生理学、内科学、外科学三个博士点和博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科。培养临床医学、基础医学和口腔医学硕士和博士研究生。
以南京鼓楼医院、南京军区南京总医院（金陵医院）和南京口腔医院作为附属医院，并以南京市各专科医院作为教学医院，师资力量雄厚，现有中国工程院院士3人，博士生导师42人，教授124人，副教授179人。教学和科研成果显著，曾获得1996年教育部科技进步三等奖，1997年江苏省教学成果一等奖和国家级教学成果二等奖， 1998年教育部科技进步三等奖， 1999年教育部科技进步三等奖， 2000年中国高校科学技术二等奖，2002年度教育部提名国家科学技术奖一等奖和二等奖，2003年度教育部提名国家科学技术奖二等奖，2005年江苏省教学成果一等奖，2008年教育部科技进步一等奖和自然科学二等奖。
凭借南京大学雄厚的自然科学基础，浓郁的学术和人文氛围，本院尤其注重加强学生的基础理论、创新思维及科研能力和人文素质的培养，教学内容反映现代水平，并开设大量与现代医学理论和临床有关的选修课，使学生既具有广博而坚实的生命科学和自然科学基础，又掌握现代医学理论和必要的临床知识与实践机能。
国际交流频繁，与澳大利亚西澳大学医学院、香港中文大学医学院签署学生交流协议，每年遴选优秀学生赴上述大学医学院进行为期3月和5周的交流。
除了学校的各类奖、助学金外，本院专设有“吴阶平基金会优秀贫困大学生助学专项基金”和“校友助学专项基金”等助学金，资助品学兼优、家境贫寒的学生完成学业；还专设有“香港孙明杰基金会威尔曼优秀研究生奖学金”，奖励优秀研究生。
学生顺利完成学业，可获得硕士学位，成绩优秀者可八年一贯，直接攻读博士学位。
建院二十二年来，南京大学医学院已培养十五届毕业生，其中博士202名，硕士830名。这些毕业生极大多数在全国各大城市的三级甲等医院中从事临床工作，在工作中都有出色的表现，其中一部分在业务上已有所建树或成为所在单位的骨干。用人单位在评价南京大学医学院的毕业生时一致认为：该院毕业生基础扎实、思维敏捷、知识面宽、外语好、计算机能力强，有较强的研究能力和创新能力，并十分关注医学发展的前沿动态，在医学临床和研究领域有很强的竞争力。
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