中国农业科学院农产品加工研究所是根据科技部、财政部、中编办国科发政字[2002]356号文件精神，在中国农业科学院原子能利用研究所学科调整基础上新组建的研究所，是中国农业科学院下属的唯一从事以食品为主的农产品加工技术研究与开发的国家级科研机构。研究所现拥有农产品质量与食物安全、生物物理学2个博士点，食品科学、农产品加工及贮藏工程2个硕士点和农产品加工与安全专业农业推广硕士学位授权点，有食品化学与营养、食品微生物与发酵工程、功能食品与生物活性物质、食品质量与安全、农产品辐照与贮藏、食品工程和食品生物技术7个重点学科方向，在农产品加工品质分析与评价、粮食与植物蛋白工程、食品质构重组、果蔬变温压差膨化干燥、功能食品开发、食品加工全程质量控制、食品非热力杀菌、食品安全快速检测、食品高效分离提取和食品生物技术等方面具有较好的研究基础和优势。
研究所现有职工94人，其中科技人员60人，在职研究员8人，副研究员19人，中级职称29人，初级职称9人，具有博士学位13人，农业部有突出贡献专家2人，中国农业科学院岗位杰出人才9人，博士研究生导师7人，硕士研究生导师11人。
研究所占地约150亩，现拥有14000平方米的科研办公用房和5000平方米的科研辅助用房，其中有约6000平方米的食品科学研究中心、1000平方米的食品安全实验室、2600平方米的辐照中心和1000平方米的质检中心等；有专用设备476台套，其中万元以上仪器设备130台套、10万元以上仪器设备70台套。
自2003年12月19日成立以来，研究所承担的项目主要有：国家“十五”863项目、“十五”重大科技专项、“十五”科技攻关；国家“十一五”863项目、“十一五”科技支撑项目、社会公益类专项、科研院所技术开发研究专项、农业科技成果转化项目；国家自然科学基金和北京市自然基金；农业部的“948”项目和农业行业标准制修订项目；中国农业科学院杰出人才专项和国际原子能机构TC项目等100余项。研究所共申请专利10余项，取得国家发明专利7项，获省部级科技成果4项，农业部等部门鉴定成果10余项，发表论文200余篇，主编或参编著作20余部，获国家科技进步奖二等奖1项、全国工商联合会科学技术一等奖1项、湖南省科技进步二等奖1项和中国农业科学院科学技术成果一等奖1项。
建所三年多来，研究所紧紧抓住国家鼓励大力发展农产品加工业的契机，积极开展对外交流与服务，产出一批可转化的科技成果，如：高水分挤压组织化大豆蛋白技术、新型果蔬变温压差膨化（非油炸）干燥技术、花生功能性短肽制备关键技术、酵母β-葡聚糖制备技术、甘薯蛋白生产技术、特色杂粮全营养饮品生产技术、面粉厂麦麸及麦胚副产物综合开发技术、冷却羊肉加工技术、ESL奶的生产技术、发芽糙米及其系列化产品生产技术等。
研究所愿意与国内外科研院所、高等院校和企业开展广泛的交流与合作。
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