中国农业科学院上海兽医研究所的前身为中国农业科学院家畜血吸虫病研究室，成立于1964年10月。1982年2月更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。2006年3月更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。

　　 研究所现有在职职工120名，离退休职工59名。在职职工中研究员12名，副研究员19名。45岁以下科研人员占88.4%，具有硕士以上学历的占71%。现有人事部百千万人才工程国家级人选3人，神农计划人选2人，省部级中青年专家5人，中国农科院一级岗位杰出人才3名，二级岗位杰出人才3名，三级岗位杰出人才8名，中国农科院跨世纪学科带头人3人。

　　 研究所现设有动物血吸虫病研究室、动物寄生虫病研究室、动物药学研究室、猪传染病研究室、禽传染病研究室、兽医公共卫生研究室等6个研究室和动物源性食品安全检测中心。建立了中国动物寄生虫标本资源库和中国畜、禽寄生虫标本陈列室，建有清洁级实验动物房、大家畜试验场、科技培训部等配套设施。仪器设备先进、配置齐全。

　　 研究所面向国家需求，围绕重要人、畜共患病与严重危害畜牧业生产的畜禽疫病的防治研究等领域开展前瞻性、关键性的应用新技术和基础理论研究，重点开展重要动物疫病流行病学、免疫预防、诊断检测、治疗与综合防治、兽医公共卫生、病原生物学、免疫学等应用技术研究，基因工程、蛋白质工程、动物药学、生物信息学等基础和应用基础研究，在猪繁殖与呼吸综合症病毒的致病及免疫机制；猪流感病毒分子流行病学；伪狂犬病毒和鸡痘病毒载体多价基因工程疫苗研究；动物血吸虫病防治，地克株利等寄生虫病治疗药物和新制剂；动物寄生虫虫种资源的收集、整理和保存，球虫、锥虫等重要畜、禽寄生虫病的综合防治，血吸虫病、锥虫病、弓形虫病、旋毛虫病等动物寄生虫病诊断；寄生虫功能基因组学与蛋白质组学；寄生虫病基因工程苗与球虫致弱苗；球虫、线虫的抗药性机理；锥虫抗原变异机理；鸡败血支原体基因重组疫苗等研究领域具有优势和特色。为有效控制我国动物疫病的发生和防止国外动物疫病的进入提供先进的技术，建立我国重大动物疫病的防制理论体系。同时积极承担国家、部门、地方的重大科技任务和世界卫生组织、欧盟等国际合作项目，组织相关项目的协作攻关，开展国内外学术交流和合作。培训基层技术人员，加强科技成果的推广和转化。编著出版专业著作和学术期刊。1981年研究所被国务院学位委员会批准为首批硕士学位培养点，1984年被批准为博士学位培养点，1999年建立博士后流动站，为国家培养高级农业科技专业人才。

　　 建所以来获各项科研成果50多项，其中国家级2项；申报国家发明专利27项，其中获得国家发明专利9项；获得申报国家新兽药证书7项；出版专著42部，发表论文800余篇。

　　 研究所连续三届被卫生部、农业部、水利部授予全国血防先进集体称号，是历届上海市文明单位和中国农业科学院文明单位。

　　 研究所将继续国际动物医学发展前沿，加强科技创新，不断增强综合实力，努力发展成为国内一流、国际知名的国家动物医学科技创新中心、动物医学产业孵化中心、动物医学科技交流中心和国家动物医学高级专业人才培养基地，为推动我国动物医学科技进步作出新的更大的贡献。