中国农业科学院烟草研究所始建于1958年，1987年经国家科委批准实行中国农业科学院和中国烟草总公司双重领导。研究所现已成为学科比较齐全、专业人才相对集中、研究和开发水平较高的国家级烟草农业综合研究机构。研究和开发领域包括烟草遗传育种、生物技术、栽培营养、调制加工、病虫害测报综防、质量检测、科技信息等。
研究所下设青岛中心和青州中心。青岛中心设5个职能部门、7个研究室（中心）和3个产业中心。中国烟草遗传育种研究（北方）中心、农业部烟草产业产品质量监督检验测试中心、中国烟草病虫害预测预报及综合防治、中国烟草原种繁殖基地、中烟种子有限责任公司、青岛分公司、上海烟草（集团）公司技术中心原料研究一室、将军烟草集团公司原料基地研究室等国家和行业中心设在该所。
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