南开大学城市与区域经济研究所是在成功申报国家重点学科区域经济学基础上于2002年建立的。南开大学区域经济学科是三个区域经济学科国家重点学科单位之一，全国唯一“985工程”区域经济哲学社会科学国家创新基地。
该所由原经济地理和城市经济两个博士点学科的人员和机构合并而成。该学科原经济地理专业，三十年代初由鲍觉民先生创建，为全国第二批博士点之一，是全国综合性大学经济类专业两个经济地理博士点之一，全国大洋洲经济地理研究中心。原城市经济博士点，八十年代初由蔡孝箴先生创建，是全国城市经济学方向第一个硕士点和第一个博士点。
该所长期致力于区域经济学基础理论、区域经济发展、区域政策、城市经济与城市管理、城市规划等领域的研究，并取得了丰硕成果，发表了一批有影响的专著和论文，在理论研究、人才培养、社会实践上处于全国领先地位，在国际上也享有较高声誉。
该所与国家多个部委和省、市、自治区政府建立了稳定的联系，并为中央和地方政府解决许多重大的理论和现实问题提供决策参考。同时，该所还与美国卡耐基•梅隆大学、加拿大多伦多大学、澳大利亚国立大学、德国海德堡大学、韩国高丽大学、新加坡国立大学等十几所高校保持着长期的国际学术交流。
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